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Nucleic Acids Research | 李磊研究组发布植物microRNA数据库新版本

日期: 2021-09-27

2021年9月23日,神彩李磊研究组与合作者在Nucleic Acids Research杂志在线发表了题为“PmiREN2.0: from data annotation to functional exploration of plant microRNAs”的研究论文。该论文介绍了植物microRNA综合数据库PmiREN的最新版本。

MicroRNA是真核生物中普遍存在的一类具有基因调控功能的内源小RNA。植物的microRNA在生长发育中发挥重要功能,影响器官发育、形态建成、环境适应等重要生物学过程,日益成为作物分子育种的重要基因资源。得益于测序技术的发展,关于植物microRNA的数据与日俱增。为系统权威地提供植物microRNA的注释信息,研究组以统一流程和标准对植物深度测序数据进行了microRNA鉴定和信息整合,建立了一个综合性数据库,命名为植物microRNA百科全书(Plant microRNA Encyclopedia,)。PmiREN1.0于2019年10月发布,两年间全球累积访问量超过16万次。

此次发布的PmiREN2.0涵盖179种植物中39751个miRNA相关的多种数据,并对数据库功能从以下五个方面进行了升级:1)增加91个物种的microRNA、靶基因及相关信息;2)提供8个工具用于microRNA相关信息挖掘;3)提供3个用于microRNA分子遗传实验设计的工具;4)构建植物microRNA信息交流和共享平台;5)UI和网站安全升级(图1)。经过以上五个方面的升级,新版数据库覆盖了更为全面的数据,同时也初步实现了由数据整理、分类向更深层次的数据挖掘和为用户提供更多实践的功能转变,将有助于推动植物microRNA功能与演化的研究,促进microRNA基因资源的深入挖掘与应用。


图1. PmiREN2.0中新增的数据类型与功能模块。

神彩李磊研究员和北京市农林科学院杨效曾研究员为该论文共同通讯作者,神彩博士研究生郭仲龙、北大-清华生命科学联合中心已毕业博士生匡正、北京市农林科学院赵永欣博士、邓杨为共同第一作者。

同期,该合作团队在Briefings in Bioinformatics杂志发表了题为“MicroRNA annotation in plants: current status and challenges”的综述论文,总结了植物microRNA数据挖掘的最新进展并探讨了机器学习在microRNA鉴定中的应用。

上述研究工作得到了国家自然科学基金、蛋白质和植物基因研究国家重点实验室、北大-清华生命科学联合中心的经费支持。

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